Seamap – Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển bao gồm tổng cộng 4 đơn vị trực thuộc, ngoài việc thực hiện các nhiệm vụ của Trung tâm, các đơn vị còn tham gia công tác quản lý, vận hành các trạm định vị DGPS, tàu khảo sát, thiết bị và phần mềm.