Seamap – Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển bao gồm 03 đơn vị trực thuộc, ngoài việc thực hiện các nhiệm vụ của Trung tâm, các đơn vị còn tham gia công tác quản lý, vận hành các trạm định vị DGPS, tàu khảo sát, thiết bị và các phần mềm chuyên dụng.