Trung tâm Trắc địa và Bản đồ Biển được thành lập ngày 11 tháng 6 năm 1998,  theo Quyết định số 502/QĐ-TTg của Thủ tướng Chính phủ, trên cơ sở sáp nhập Trung tâm Trắc địa Bản đồ Biển thuộc Viện Khoa học Địa chính và Xí nghiệp 304 thuộc Công ty Trắc địa Bản đồ số 3.

Năm 2002, Bộ Tài nguyên và Môi trường được thành lập. Trong quá trình sắp xếp, cơ cấu lại tổ chức của Bộ, Trung tâm Trắc địa và Bản đồ Biển được thành lập lại, trực thuộc Cục Đo đạc và Bản đồ theo quyết định số 44/QĐ-ĐĐBĐ ngày 12 tháng 3 năm 2003 của Cục trưởng Cục Đo đạc và Bản đồ.

Ngày 30 tháng 9 năm 2008, sau khi cơ cấu lại, Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển được chuyển về Tổng cục Biển và Hải đảo Việt Nam – Bộ Tài nguyên và Môi trường.

Năm 2022, với chủ trương tinh gọn bộ  máy, giảm cấp Tổng cục, ngày 01 tháng 01 năm 2023, Trung tâm được chuyển nguyên trạng về trực thuộc Cục Đo đạc, Bản Đồ và Thông tin Địa lý Việt Nam với chức năng, nhiệm vụ, quyền hạn và cơ cấu tổ chức của Trung tâm theo công văn số: 3993/QĐ-BTNMT.

Ngoài việc thực hiện nhiệm vụ chính trị do Bộ, Cục giao, Trung tâm còn mở rộng khai thác các hợp đồng cung cấp dịch vụ Trắc địa bản đồ cho các đơn vị trong và ngoài ngành tài nguyên môi trường, các công ty trong và ngoài nước.

Bộ máy tổ chức của Trung tâm hiện nay gồm: 01 Giám đốc, 03 Phó Giám đốc, 03 đơn vị trực thuộc và 4 phòng chức năng giúp việc, có trụ sở tại Hà Nội, Hải Phòng, Tp. HCM, TP. Vũng Tàu. Tổng số lao động trong danh sách của Trung tâm cho đến nay là 160 người. Trong đó có 18 Thạc sĩ, 96 Đại học và Cao đẳng, nhiều người được đào tạo và bồi đưỡng tại các nước có nền khoa học, công nghệ phát triển.

Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển có 4 phòng ban chức năng, 4 đơn vị sản xuất trực thuộc, 2 trạm trạm định vị vệ tinh DGPS và 01 tàu đo đạc biển

04 Phòng chức năng bao gồm:

• Văn phòng
• Phòng Kế hoạch – Tài chính
• Phòng Kỹ thuật – Công nghệ
• Phòng Quản lý khai thác dịch vụ.

03 Đơn vị sản xuất trực thuộc gồm:

• Đoàn Đo đạc biển miền Bắc
• Đoàn đo đạc biển miền Nam
• Đoàn Dịch vụ Trắc địa và Bản đồ

2 Trạm Định vị vệ tinh DGPS gồm:

Trạm định vị Đồ Sơn (Quản lý trực tiếp bởi Đoàn Đo đạc biển miền Bắc) 

•    Địa chỉ: Quận Đồ Sơn, thành phố Hải Phòng

Trạm định vị Vũng Tàu (Quản lý bởi Đoàn Dịch vụ Trắc địa và Bản đồ) 

•    Địa chỉ: 126A, đường Đô Lương, Phường 11, thành phố Vũng Tàu

01 Tàu đo đạc biển (Quản lý trực tiếp bởi Đoàn Đo đạc biển miền Bắc)

Vị trí và chức năng

1. Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển là đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam, có chức năng thực hiện điều tra cơ bản về khảo sát, đo đạc, thành lập bản đồ biển và hải đảo; cung cấp các dịch vụ đo đạc, thành lập bản đồ, khảo sát công trình, định vị, dần đường phục vụ công tác khảo sát, tìm kiếm, thăm dò và khai thác tài nguyên, xây dựng trên biển, quản lý tài nguyên và môi trường theo quy định của pháp luật.
2. Trung tâm Trắc địa và Bản đồ biển (sau đây viết tắt là Trung tâm) có tư cách pháp nhân, có con dấu, được mở tài khoản tại Kho bạc Nhà nước và ngân hàng theo quy định của pháp luật; trụ sở chính tại Thành phố Hà Nội.

Nhiệm vụ và quyền hạn

1. Xây dựng, trình Cục trưởng Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam (sau đây viết tắt là Cục trưởng) kế hoạch dài hạn, trung hạn và hang năm của Trung tâm trong công tác điều tra cơ bản về khảo sát, đo đạc, thành lập bản đồ biển và hải đảo; tổ chức thực hiện sau khi được phê duyệt.
2. Tham gia xây dựng các văn bản quy phạm pháp luật, tiêu chuẩn, quy chuẩn kỳ thuật quốc gia, định mức kinh tế – kỳ thuật, đơn giá sản phẩm về đo đạc, bản đồ và thông tin địa lý về công tác điều tra cơ bản biển và hải đảo theo phân công của Cục trưởng.
3. Thực hiện các đề án, dự án, nhiệm vụ chuyên môn về đo đạc cơ bản trên đất liền và trên biển bao gồm: xây dựng hệ thống điểm khống chế tọa độ, độ cao, độ sâu, trọng lực biển.
4. Tham gia xây dựng cơ sở dữ liệu nền địa lý quốc gia, thành lập bản đồ địa hình quốc gia, bản đồ địa hình đáy biển theo sự phân công của Cục trưởng.
5. Khảo sát, đo đạc, thành lập hệ thống bản đồ địa hình đáy biển, hải đảo và các loại bản đồ khác phục vụ công tác quản lý nhà nước của Cục; khảo sát các công trình biển; tham gia xác định địa danh các đảo, cụm đảo trên vùng biển, hải đảo Việt Nam; tham gia xây dựng cơ sở dừ liệu (CSDL) tài nguyên – môi trường biển, hệ thống thông tin địa lý biển và hải đảo (SGIS) phục vụ công tác quản lý và phát triển kinh tế biển của các ngành và địa phương.
6. Quản lý, vận hành và khai thác các trạm định vị vệ tinh (DGPS/DGNSS) cung cấp tín hiệu cải chính phân sai phục vụ công tác định vị dẫn đường trên biển thuộc phạm vi quản lý của Cục; Quản lý, khai thác các tàu đo đạc biển chuyên dụng theo quy định của pháp luật.
7. Phối hợp triển khai xây dựng và khai thác các trạm quan trắc tổng hợp tài nguyên – môi trường biển. Tham gia xây dựng các chương trình, kế hoạch, đề án, dự án, nhiệm vụ quản lý tổng hợp biển, vùng bờ và hải đảo; tham gia xác định các vùng ô nhiễm nghiêm trọng phát sinh do các hoạt động khai thác, sử dụng biển, hải đảo và các sự cố hoặc thiên tai trên biển.
8. Cung cấp các dịch vụ về khảo sát, thành lập bản đồ, địa hình, địa mạo, địa vật lý, khí tượng thủy văn và các loại bản đồ chuyên ngành khác; đánh giá địa hình, địa mạo các vùng cửa biển, cửa sông, bãi bồi và các dạng tai biến thiên nhiên, biến động địa hình đáy biển, xói lở, bồi tụ bờ biển; định vị dẫn đường phục vụ thiết kế, xây dựng các công trình trên biển, sông hồ và các dạng tai biến thiên nhiên, biến động địa hình đáy biển, xói lở, bồi tụ bờ biển; tư vấn lập hồ sơ giao khu vực biển, hải đảo; lấn biển, nhận chìm ở biển; tư vấn chuyển giao, đào tạo công nghệ đo đạc, định vị dẫn đường cho các tổ chức, cá nhân trong và ngoài nước theo quy định của pháp luật.
9. Thực hiện nghiên cứu khoa học và hợp tác quốc tế, ứng dụng, chuyển giao và phát triển công nghệ về đo đạc, thành lập bản đò biển, hải đảo và định vị, dẫn đường trên biển.
10. Tổng hợp tình hình hoạt động khảo sát, đo đạc, thành lập bản đồ biển và hải đảo; thống kê, báo cáo định kỳ và đột xuất tình hình thực hiện nhiệm vụ được giao.
11. Thực hiện cải cách hành chính theo ke hoạch cải cách hành chính của Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam và phân công của Cục trưởng.
12. Thực hiện các hoạt động dịch vụ về đo đạc và bản đồ theo quy định của pháp luật.
13. Quản lý về tổ chức, vị trí việc làm, số lượng người làm việc; viên chức, người lao động, tài chính, tài sản thuộc phạm vi quản lý Trung tâm theo quy định pháp luật và theo phân cấp của Cục Đo đạc, Bản đồ và Thông tin địa lý Việt Nam; thực hiện trách nhiệm của đơn vị sử dụng ngân sách theo quy định của pháp luật.
14. Thực hiện các nhiệm vụ khác theo phân công của Cục trưởng.